Du solltest vielleicht definieren was du mit Startprozess meinst. Den vom Rechner, bis rein zu Windows, oder den des Programms, welches gestartet werden soll.
Solltest du den Bootprozess von Windows meinen, dann hat das definitiv Auswirkungen. Wenn ein Desktop zugeschissen ist und du dann schon ungeduldig auf Enter hämmerst, um dich einzuloggen, dann wirst definitiv mit einem kleinen Schluckauf begrüßt, bevor alles geladen ist.
Dem Programm selbst ist es scheiss egal, ob du es über eine Verknüpfung öffnest, oder nicht.